飞行学院成立于1993年9月，由北京航空航天大学与中国南方航空股份有限公司联合创办。学院坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚定不移贯彻党和国家的教育方针，坚持立德树人根本任务，落实“五育”并举，践行“三全育人”要求，充分利用学校已有教学资源，发挥校企合作办学的优势，集航空航天学科群的整体优势，彰显“空天信”融合特色，以交通运输工程、航空宇航科学与技术为主干学科,以培养学者型飞行员、专家型管理者和创新型领路人为目标，设有飞行技术（提前批招生）、交通运输（民航机务工程）、无人驾驶航空器系统工程（大类招生）三个本科专业，形成了有人机-无人机一体化的本科应用型和学术型相融合的人才培养模式。

学院建院初期为航空公司定制培养“飞行技术”专业本科生,理论学习与飞行实训相结合,培养具有国际化视野的高素质民航飞行技术专业人才。学院积极探索创建了“全周期校企融合、全覆盖国际培养、全方位价值塑造”的民航飞行技术人才培养模式，形成了“理论-实验-实践”校企协同多层次教学体系，实现了人才培养由“能飞、会飞”向“善飞、精飞”转变，为民航打造了一大批兼具“航空理论的实践者”“国际标准的执行者”“飞行安全的守护者”于一体的拔尖飞行人才。截至2024年3月，学院已为民航业输送了5522名飞行员，其中两千多名飞行员被聘为责任机长。

为了适应国内民航业的快速发展及学院整体需求,2006年起学院开设了“交通运输(民航机务工程)”本科专业。该专业主要培养具有民航相关基础知识，以机械设计与维修、信息处理与应用、民用航空管理等为主要方向的交叉型人才。

随着航空技术的迅猛发展,无人机的设计、制造与产业应用呈现井喷发展态势,多学科专业与无人机结合紧密,在无人机系统设计、运用、适航和管理等方面需要大量综合性专业人才。依托于北航无人机方面雄厚的学科基础、师资力量、科研成果和实验设施条件,2017年3月学院获批教育部首个“无人驾驶航空器系统工程”专业。该专业以无人机系统前沿需求为牵引,培养具有系统思维、创新意识与领军领导潜质的复合型人才。

学院以建设支撑“民航强国”的一流特色学院为目标，谋划转型发展，优化体制机制，积极制定“做精”飞行技术专业、“做强”交通运输（民航机务工程）专业、“做特”无人驾驶航空器系统工程专业的人才培养计划。学院注重引进卓越师资，具有博士学位的专任教师比例为100%，获国家级教学成果一等奖1项、北京市高等教育教学成果一等奖。学院获批中央高校教育教学改革专项“无人驾驶航空器系统工程”双一流学科建设项目、科技部外籍引智专家项目和北京高校高精尖学科建设项目多个教学研究项目；同时，学院聚焦智能网联无人系统、民用航空安全等前沿技术，承担国家自然科学基金委、中国民用航空局相关项目，获多项省部级和国家级科技成果奖。

飞行学院将以高质量教育建设为主线，以人才培养“四强”模式为指导，围绕民航高级人才需求，团结拼搏、开拓创新，突出特色，在飞行技术、交通运输、无人驾驶航空器系统工程领域，强化高精尖缺人才培养，为国家多领域民航强国战略的人才培养、科学研究以及学科建设做出突出贡献。